Rutsu ha già provato amore per un'altra donna, ma ha sempre represso questo sentimento. Ora, però, sta attraversando un momento della sua vita dove tutto è possibile. nel suo ultimo romanzo, per esempio, c'è un personaggio dal sesso indeterminato, chiamato semplicemente "Y", che accarezza una giovane donna con le dita intrise di colore blu. Rutsu sa che Y è in realtà una femmina, ma non l'ha mai detto a nessuno. Ad accorgersi dell'ambiguità è Tamaki, redattrice di una rivista d'arte, che entra all'improvviso nella vita della ragazza. La ricerca letteraria e quella sessuale si legano così indissolubilmente nel racconto, e Rutsu si scoprirà preda di una passione che non riuscirà a gestire, e che la allontanerà a poco a poco dal suo ragazzo Ryuji.
Indigo Blue è una delle prove narrativamente più intense di Ebine Yamaji. Con sincerità e acume l'autrice si avvicina a temi finora solo sfiorati, come la paura dell'omosessualità e il suo conseguente rifiuto. I dialoghi si fanno più sostenuti, quasi a sottolineare una distanza generazionale tra le donne di questo romanzo a fumetti e le adolescenti del suo precedente Love my life. Solo al termine di una lunga riconciliazione cn le proprie contraddizioni, Rutsu scoprirà come il cammino alla scoperta di se stessi sia infinito, e come le radici della nostra maturità siano radicate in fondo alle nostre paure.