La historia comienza junto al primer recuerdo de Yuuki, en el que se halla perdida durante una tormenta de nieve. Es atacada por un vampiro fuera de control yes rescatada por otro vampiro, Kuran Kaname. Kaname la lleva junto a Cross Kaien quien se convierte en su padre adoptiv y en el director de la Academia Privada Cross. Esa escuela tiene un sistema de clases diurnas y nocturnas , pero ocultan un secreto: los alumnos de la Clase Nocturna son en realidad vampiros. El director y Kuran Kaname creen que es posible una convivencia pacífica de humanos y vampiros.

Zero, un chico procedente de una familia de cazadores de vampiros cuyos padres fueron asesinados por la vampiresa Shizuka, y de ello ya han pasado cuatro años, es uno de los pocos de la Clase Diurna que conocen el secreto y se ocupan de mantener el orden en la Academia. Zero odia a los vampiros más que a nada en el mundo por lo tanto está en contra del pacifismo del director y odia bastante a Kaname,pero a su vez también oculta un gran secreto que lo tortura día a día.